Në gushtin e vitit 2004 me iniciativë të Fondacionit “Zoja e Këshillit të Mirë” u themelua me Vendimin e Këshillit të Ministrave të datës 27.08.2004, Universiteti “Zoja e Këshillit të Mirë”, sot Universiteti Katolik "Zoja e Këshillit të Mirë".
Institucioni nisi aktivitetin në vitin akademik 2004-2005 me Fakultetin e Mjekësisë dhe me Fakultetin e Shkencave Ekonomike dhe Politike dhe në vitin akademik 2005-2006 me Fakultetin e Farmacisë. Për herë të parë në vitin akademik 2015-2016 është aktivizuar Fakulteti i Shkencave të Aplikuara.
Çdo Program Studimi i ofruar nga secili prej Fakulteteve të mësipërme, në përputhje të plotë me ligjin e arsimit të lartë, është i akredituar me një kohëzgjatje 6 vjeçare.
Gjithashtu institucioni është akredituar 3 herë me vlerësim maksimal respektivisht në vitin 2007, 2016 dhe së fundmi në vitin 2017, ku raporti vlerësues i Agjencisë së Sigurimit të Cilësisë në Arsimin e Lartë (ASCAL) në bashkëpunim me Agjencinë Britanike të Akreditimit (QAA), jep vlerësimin pozitiv duke nënvizuar faktin se Universiteti Katolik “Zoja e Këshillit të Mirë” përmbush plotësisht të gjitha Standardet Shetërore të Cilësisë.
