Në periudhën e trazuar pas regjimit komunist, në frymëzimin e Shenjtërisë së Tij Papa Gjon Pali i II-të dhe Shenjtërisë së Saj Nënë Tereza e Kalkutës, në Shqipëri mori udhë historia e Fondacionit “Zoja e Këshillit të Mirë”, një nismë e drejtpërdrejtë e Kongregacionit Fetar "Bijtë e Zojës së Papërlyer", e cila lindi falë intuitës karizmatike të Themeluesit të saj “I Lumi Luigi Monti”, në 1857 në Spitalin e atëhershëm Papnor “Santo Spirito” në Sassia (Romë). Mangësitë strukturore të vendit, të rënduara edhe më tej nga kriza financiare piramidale e vitit 1997 dhe nga lufta e Kosovës që zgjati deri në vitin 1999, diktuan nevojën urgjente që Fondacioni ZKM të vepronte menjëherë dhe të niste aktivitetin me ndërtimin e një poliambulance, farmacie dhe një laboratori analizash biokimike-klinike, që edhe aktualisht, është plotësisht operativ dhe efikas.
Vetëm pas stabilizimit përfundimtar politik të vendit në 2004, u bë e mundur të niste realizimi i objektivit të fundit dhe shumëpërfshirës i projektit të Fondacionit, që i dha jetë hapjes së Universitetit " Zoja e Këshillit të Mirë”.
Universiteti lindi, ndër të parët në Shqipëri, si një institucion privat që zhvillon aktivitetet e tij në kontekstin e sistemit institucional shqiptar. Fakultetet e para u aktivizuan në vitin akademik 2004-2005, në bashkëpunim me disa universitete italiane në saj të marrëveshjeve bilaterale të mirëfillta. Falë pikërisht këtyre marrëveshjeve me universitetet partnere italiane që Universiteti Katolik ZKM lëshon diploma të përbashkëta ose të dyfishta të cilat kanë të njëjtën vlefshmëri ligjore me ato italiane dhe mbartin mbi vete si vlerë të shtuar dhe të padiskutueshme cilësinë e një Titulli Studimi që mund të përdoret si në Shqipëri, në Itali dhe kësisoj edhe në Evropë.
Nënëshkrimit të marrëveshjeve të para me universitetet partenere, me Universitetin e Romës Tor Vergata (Mjekësi dhe Kirurgji), me Universitetin e Barit (Ekonomi dhe Farmaci) dhe me Universitetin e Milanos (Farmaci), ndër vite iu shtuan dhe marrëveshjet e nënshkruara me Universitetin e Bolonjës dhe Universitetin e Palermos si dhe së fundmi me Universitetin e Firences (Shkencat e Aplikuara, Arkitekturë dhe Inxhinieri). Në këtë mënyrë, oferta formuese është përmirësuar vazhdimisht, duke filluar nga Diplomat Tri vjeçare deri te Diplomat në Master-at e Nivelit të I-rë dhe të II-të si dhe doktoraturat në fusha të ndryshme kërkimore.
Njohja zyrtare e këtij institucioni si Universitet Katolik, nga autoritetet kompetente kishtare arriti në vitin 2011, e cila vijoi me anëtarësimin e tij në Federatën Ndërkombëtare të Universiteteve Katolike (FIUC) në vitin 2016 së bashku me 226 universitete të tjera nga e gjithë bota. Në vitin 2017, Universiteti Katolik "Zoja e Këshillit të Mirë “ përmbushi me sukses procedurën për akreditimin e tretë institucional me vlerësim maksimal, duke përmbushur të gjitha kriteret dhe standardet e kërkuara në nivelin akademik dhe strukturor.
Si objektiv i projektit origjinal të Fondacionit ZKM, po punohet për ndërtimin e Spitalit “Zoja e Këshillit të Mirë” brenda mureve të kampusit universitar. Kompleksi i ri dhe modern spitalor do të shërbejë si një qendër diagnostikuese-terapeutike, dukë synuar që të bëhet një pikë e rëndësishme referimi për shërbimin shëndetësor shqiptar.
Në rrugëtimin e këtyre viteve, Universiteti ka marrë vlerësime të rëndësishme për punën që kryen si nga autoritetet shqiptare (Presidenti i Republikës, Kryeministri) ashtu edhe nga autoritetet italiane (në shkurt të viti 2014, Presidenti i Republikës Italiane Giorgio Napolitano, i thuri lavde Universitetit duke u shprehur me konsideratat më të larta) por kurorëzimi përfundimtar i këtij procesi rritjeje dhe vlerësimi kulmoi me vizitën e Shenjtërisë së Tij Papa Françesku, kur më 21 shtator 2014, në selinë e Universitetit, Shkëlqesia e Tij u takua me të gjithë liderat fetarë të Shqipërisë.
Deri më tani, Alumni-it e "Zojës së Këshillit të Mirë" janë ndër profesionistët më të kërkuar dhe të vlerësuar pozitivisht në tregun e punës, ata shërbejnë si frymëzim për studentët e rinj dhe të ardhëshëm, dhe janë kthyer në pika referimi të mirëfillta në fushat e tyre profesionale, kudo që punojnë në Shqipëri, në Itali dhe në botë.
